O microbioma humano ou microbiota humana é o conjunto de todos os microrganismos que nos habitam e se instalam nos tecidos e fluidos humanos. Este microbioma é composto essencialmente por bactérias, mas também por vírus, fungos e fagos e têm função vital no equilíbrio de todo o nosso corpo.
Todo o corpo, exceto o cérebro alberga microrganismos e de acordo com a estimativa atual pensa-se que podemos ter mais de 100 000 triliões de microrganismos, sendo os Firmicutes e Bacteroidetes os mais abundantes.
As bactérias intestinais têm várias funções e contribuem indiscutivelmente para nos mantermos saudáveis. Estão envolvidas na correta absorção de nutrientes, síntese de vitaminas, enzimas, digestão, função de barreira contra invasores, manutenção da integridade da parede intestinal, função imunitária e seguramente muitas outras ainda desconhecidas. A esta microbiota se deve também a manutenção do intestino saudável que depois influência uma serie de situações, uma vez que o intestino é também considerado parte do sistema endócrino (órgão endócrino maior do corpo), produz hormonas que regularizam a digestão, a forma como se utiliza a comida, estimular e reduzir o apetite.
A microbiota é facilmente alterada por fatores externos e internos. A alimentação, a forma como vivemos, os microrganismos presentes no ambiente diário, stress, químicos, tóxicos, medicamentos, qualidade do sono entre muitos outros fatores, tem um enorme impacto na sua composição e podem estar associados a quadros de disbiose (alteração do equilíbrio da microbiota intestinal).